Как будет происходить навигация в далёком космосе

Все движения известны, особенно для ближайших звезд. Всё это считается. Впрочем, по дороге можно и нужно будет корректировать траекторию, как это делается и сейчас при полетах зондов к другим планетам. Планеты тоже вовсю движутся, но зонды выходят в расчетные точки попадания с точностью в несколько километров.

Как и на обычных кораблях - по звездам

Ну например есть нейтронные звезды, которые называют пульсарами, вполне подходят на роль естественных маяков Вселенной.

Если верить теории большого взрыва (не сериалу) , вся материя появилась и движется из одной точки расширяясь . Скорее всего эта точка (если к тому моменту ее найдут) и будет началом отсчета координат . Но скорее всего сделают по старинке (как с часовыми поясами по Гринвичу) - от Полярной звезды .

а что фото высокого разрешения участка древней вселенной не подойдет?

Возможно это даст лучшее понимание: есть знания, которые описаны достаточно давно. Несколько тыс лет. Там все детально описывается - как можно путешествовать, размеры атомов, устройство космоса и т. п.
И что самое поразительное - ученые постоянно "открывают" то, что написано в этих источниках.
Когда сам познакомился с этим - поразился, начал изучать.. .
Есть много подобных источников, например Ведическое Знание и т. д. Почитайте - найдете ооочень много интересного и объяснения на необъяснимые ранее вещи. Правда после этого будете расстроены - почему ученые так тупят.. . Ведь все это проверятся очень легко.