Каким способом клетки специализируются? Как они определяют местоположение и какой тканью стать, если ДНК одинаковая?

Вырабатываются вещества-"маркеры", которые подсказывают клетке ее местоположение. Т. е., сначала есть градиент одного вещества - формируется деление на внутреннюю полость и внешнюю эктодерму. Затем добавляется градиент еще одного вещества - формируется распределение по признаку верх/низ (ротовое отверстие/анальное отверстие), затем добавляется еще одно вещество - появляется дифференциация по признаку лево/право. И так по мере усложнения.
После каждого такого разделения клетки сохраняют тот набор биомаркеров, который у них был изначально. Эти клетки называют прогениторными - они уже при делении передают эти биомаркеры, таким образом становясь "прародителями" конкретных систем, органов, тканей.

Установлено, что дифференцировка возникает не в результате утраты или добавления генетической информации. Дифференцировка - это не результат изменения генетической потенции клетки, а дифференциальное выражение этих потенций под влиянием среды, в которой находятся клетка и ее ядро. Дифференцировка клеток - это в сущности изменение состава клеточных белков - набора ферментов, и обусловлена она тем, что в разных клетках из общего количества генов функционируют разные наборы ген, определяющие синтез различных наборов белков. Избирательное выражение информации, закодированной в генах данной клетки, достигается путем активации или репрессии процесса транскрипции (считывания) этих генов, т. е. путем избирательного синтеза первичного продукта генов - РНК, содержащей ту информацию, которую следует передать в цитоплазму... найдешь все в инете. вникай, сложно )

это чуть-чуть за передним краем современной науки.
биологов всего мира тоже очень интересует этот вопрос.

клетке диктует ее предназначение окружение