Какого цвета к примеру атом водорода? или любого другого вещества? Все атомы серые, дворник утверждает.

атом цвета вообще не имеет, цвет это определенная длинна электромагнитной волны, а атомы слишком малы и волн они не отражают, волны просто огибают их. Сами атомы переходя в возбужденное состояние могут испускать или поглощать определенные длины волн, очень точно определенные. Это можно наблюдать на приборе, это называется линейчатый спектр. К примеру две знаменитые желтые линии характерны для натрия. Спектр водорода тоже известен и теоретически смоделировал и рассчитал его еще Нильс Бор родоначальник всего квантмеха. Только называть это цветом атомов не очень корректно. Никто вроде так не называет, потому что понимают сущность явления.

Одиночные атомы меньше длины волны любого электромагнитного излучения, поэтому фотоны свет не отражают, и в оптические, рентгеновские и прочие микроскопы (кроме электронного) не видны. Соответственно, цвета не имеют.
Но, некоторые атомы имеют очень четкий спектр излучения, как, например, атомы натрия, излучающие желтый свет во многих уличных фонарях. Поэтому когда вы видите желтое свечение уличного фонаря, это, как правило, цвет атомов натрия.

Если под цветом вы подразумеваете оттенок, такой как красный, синий, черный и белый, то атомы не имеют цвета. Цвет объекта определяется тем, какой "цветной" свет он отражает.

паста: Они не имеют цвета в привычном нам значении, но у них есть спектр, который может снять прибор - спектрофотометр (аналог человеческого глаза). Если спектр атомов водорода изучал в видимом диапазоне, то мы бы видели его цвет, как зелёный цвет хлора или бурый NO2.