Кто впервые использовал химию для лекарств?

Однозначно ответить трудно, т.к. ещё в древности лекарственное растительное сырье применяли обычно в виде порошков или отваров, иногда в виде мазей.
Скорее всего это древние арабы и европеец Арнольд из Вилла-новы.
Позднее стали изготовлять более сложные лекарства. По предложению древнеримского врача Галена в Европе вошли в обиход сложные извлечения и настойки, до сих пор называемые «галеновыми препаратами». Но преимущество таких лекарств не находило себе объяснения, так как врачи не имели никакого представления об извлеченных химических веществах. Знали лишь «силу» растения, т. е. его активность.

В XVI в. знаменитый европейский врач Парацельс и его последователи впервые выразили мысль, что задача химии — лечение болезней, так как жизненный процесс в основном химический. Парацельс возражал против сложных рецептов арабской медицинской школы, содержащих множество ингредиентов, неизвестных врачу по своему составу. Он высказал мысль о том, что лечебное действие принадлежит не растению в целом, а определенному веществу, которое надо извлечь, — его «квинтэссенции» (мы бы сказали—действующему веществу).
Хотя Парацельс и открыл новую эпоху в медицине, все же химическое изучение растений началось не сразу. Только в конце XVII в. фармацевты и врачи занялись исследованием растений с целью выяснения их качественного состава.

В середине XVIII в. немецкий аптекарь Маркграф впервые доказал, что в свекле есть тростниковый сахар и выделил его в чистом виде. Современники высмеяли его, не веря в возможность получения из какой-то домашней свеклы сахара, завозившегося тогда из тропиков, и только после смерти Маркграфа добывание свекловичного сахара было поставлено в промышленном масштабе.

Еще больших успехов в изучении составных веществ растений добился шведский фармацевт Карл Шееле (1742—1786 гг.).
При варке в аптеке обычного пластыря, который и до него варили не один десяток лет, он обнаружил впервые глицерин и доказал его присутствие в разных жирах. Работы Шееле дали правильное направление в работе фитохимиков.

К середине XIX в. химия сделала огромные успехи. Благодаря работам Ломоносова и Лавуазье было доказано, что все химические вещества состоят из элементов, а органические вещества, несмотря на необычайное разнообразие, не что иное, как производные углерода. Они образуют комбинации из углерода и водорода, в них часто присутствует и кислород, а в некоторых веществах были найдены азот, фосфор и сера.
Располагая такими данными, фитохимия в XIX в. могла развиваться быстрее, и в это время, наконец, были открыты главнейшие группы действующих веществ. http://www.mordovnik.ru/celebsvoist

Есть ещё такие сведения.
Первые препараты, полученные алхимическим путем, были применены в медицине арабами. Одним из первых европейских врачей, упоминавших о химических лекарствах, был Арнольд из Вилла-новы.Это было связано с тем, что, как и многие известные врачи позднего средневековья и эпохи Возрождения, он занимался алхимией.
Основными веществами для приготовления «медикаментов», согласно учению арабских алхимиков, считались «четыре духа» — сера, мышьяк, ртуть и нашатырь. Они часто вызывали подозрение не только у врачей и аптекарей: любого человека охватывал страх при одном упоминании о мышьяке, ртути, свинце. Отравления в эпоху Возрождения были настолько распространены, что иногда имели характер эпидемий. Именно поэтому врачей-алхимиков часто боялись и называли отравителями.
Исторические параллели: Лекарства, изготовленные алхимиками, упоминаются в древнеегипетских папирусах, медицинских текстах на глиняных табличках, в рекомендациях врачей Древней Индии и сочинениях античных авторов. Широкое применение алхимических лекарств пришло в европейскую медицину из арабской. Часто врачи и алхимики применяли одни и те же соединения. Например, Гиппократ писал о применении аурипигмента в качестве лекарства.
Сун-Сымяо (VII в.) был не только одним из великих китайских врачей, но и известным алхимиком. http://www.bibliotekar.ru/421/55.htm