Есть стеклянный цилиндр из под биологических образцов. Хочу приспособить его под аквариум.

Очень неудобная вещь. В принципе, объем около 15 литров позволяет посадить туда пару петушков, несколько гуппи, либо пару кардиналов.
Других рыб в него я садить туда не советую (даже если и позволяет объем, те же "галактики" могут и в меньших емкостях жить)
Тем более садить кого либо на дно, слишком маленькая площадь дна.

Очень рекомендую использовать подобную емкость в качестве креветочника. В такой банке прекрасно себя будут чувствовать 10 - 15 вишневых креветок (или подобных мелких креветок) или 4 - 5 креветок амано.
Посадить по центру валиснерию или что то подобное с длинными узкими листьями. В качестве уборщика на дно, запустить апмпулярию (а еще лучше неретину).

Что касается дискомфорта, рыбкам (и другим существам) совершенно безразлично какой формы емкость. Дискомфорт будет у Вас - искажается вид рыбок (все будет растянуто), очень тяжело в такую емкость загнать отопление и фильтр (либо внешний фильтр, либо компрессор ставить), все провода надо будет прятать как то.

Вот в качестве примера один из моих креветочников (емкость 1 литр), в котором в течении года успешно жили и размножались несколько вишневых креветок. См. фото.

читал, что рыбкам дискомфорт в круглой ёмкости

Самое важное это кислород, колба должна быть насыщена им одинаково хорошо, как снизу, так и сверху. Трубку подающую кислород на самое дно, обязательно живых водорослей для дополнительного насыщения кислородом. В стоячей воде "живность" помрет. Для выбора рыбок "самых неприхотливых" воспользуйся справочником по аквариумным рыбкам (накопай в инете), там и найдешь тех кто поглубже предпочитает, средний "плав", ну и те, кто любит плавать у поверхности.