Международную популярность Милер получил благодаря серии мультфильмов о Кротике. Своего героя художник придумал в 1956 году, когда гулял в лесу под Прагой и споткнулся о кротовий холмик. Иронизируя над собой и коллегами, Милер сказал, что умудрился создать мультфильм про единственного животного, которого пропустил Уолт Дисней.

Первая серия эпопеи про Кротика вышла в 1956 году под названием «Как Кроту штанишки сшили» и в 1957 г. завоевала «Серебряного Льва» на Венецианском кинофестивале.
Кротик в мультфильмах не говорит – он только издает смешные звуки, писки и смех. В его озвучке принимали участие дочери Милера, на момент создания первых эпизодов – маленькие девочки. Возможно, поэтому мультфильмы снискали известность по всему миру, в том числе и в СССР, где выходили не только мультфильмы про Кротика, которые не нуждались в переводе, но и книги, в которых к красочным иллюстрациям прилагались лишь краткие подписи, помогавшие маленькому читателю не запутаться.

С раннего детства он увлекался рисованием, в 1936 году поступил в школу живописи, а затем в Высшую школу прикладного искусства в Праге. С 1942 года Милер начал работать в анимационной студии. Когда он чудом избежал отправки в концлагерь, решил посвятить себя мультипликации.
За свою жизнь Милер нарисовал более 70 мультфильмов, 57 из которых — о Кротике.
Мультипликатор Зденек Милер (Zdeněk Miler) умер в санатории моравского города Нове Вси в возрасте 90 лет 30 ноября 2011 года.