в чем крылась причина негативных отношений между наполеоном и католической церковью?

Борьба за власть.

В те времена церковь была весьма влиятельна не только в религиозных делах, но прежде всего в мирских.

Наполеон хотел, чтобы католическая церковь помогала ему поддерживать его правление.

Для упрочения своей диктатуры Наполеон считал необходимым сотрудничество с католической церковью, сотрудничество, основанное, однако, на безусловном подчинении духовной власти светской.

Церковь была нужна Наполеону для борьбы с революционными настроениями и для идеологического воздействия на подданных; она должна была стать орудием полицейского надзора, — Наполеон требовал, чтобы священники так же следили за умонастроением верующих, как полиция за их поведением; наконец, союз с Ватиканом должен был до некоторой степени ослабить стан врагов Наполеона.

Наполеон сам с циничной откровенностью разъяснил, в чем он видел необходимость религии. «Общество без религии,— говорил он,— подобно кораблю без компаса. Одна лишь религия дает государству прочную и твердую опору... Общество не может существовать без религии. Когда один человек умирает с голоду, а рядом с ним другой обжирается, то первый не может примириться с таким противоречием, если нет власти, которая сказала бы ему: «Так хочет бог, на этом свете должны быть бедные и богатые. Но потом, когда ты перейдешь в жизнь вечную, там все будет устроено по-иному».

В силу указанных выше причин Наполеон тотчас же после завоевания большей части Италии (в 1800 году) начал переговоры с римской курией о соглашении.

Папа Пий VII, однако, не сразу проявил покорность, и Наполеону пришлось потратить немало дипломатического искусства, чтобы добиться заключения конкордата. 15 июля 1801 г. конкордат, наконец, был подписан.

Его основной смысл заключался, во-первых, в полном подчинении церкви государству и, во-вторых, в уничтожении установлений революции, стеснявших отправление религиозных культов. Католическая религия объявлялась религией большинства французов (но не государственной религией).

Назначение на должность архиепископа и епископов производилось Наполеоном: папа лишь посвящал в сан указанных Наполеоном лиц. Духовенство приносило присягу верности правительству и обязывалось ничего не предпринимать против общественного спокойствия.

Более того, ему вменялось в обязанность доносить о всяком заговоре против государства.

В 1809 году Наполеон пошел еще дальше: своим декретом он лишил папу светской власти, после чего французские войска оккупировали Рим, а Пий VII, который пробовал сопротивляться, был взят под стражу и отправлен во Францию (в г. Савонну), где и пробыл в качестве почетного пленника до падения империи (то есть до 1814 года).

Подробнее здесь :

http://www.detskiysad.ru/turizm/franciya28.html

Потому что Папа благословлял всех католических монархов на царствование, а Наполеон на этих монархов плевал с высокой колокольни, но его Папа не благословлял

Отрицательно