Чем объясняются различия в экономическом развитии субрегионов Африки - в Северной Африке, Тропической Африке и в ЮАР?

Мадам, у Вас вопрос на целую диссертацию, поскольку его можно рассматривать в множестве разрезов.
Различаются природно-географические условия, наличие/отсутствие полезных ископаемых и прочих ресурсов, уровень цивилизационного развития местных народов, связанный, в частности, с близостью и вовлеченностью более развитых цивилизаций, и т. д. и т. п.
Надо формулировать проблему четче и более узко.
Например, в чем причина экономического превосходства ЮАР над соседними африканскими странами? Ответ - в наличии 5-миллионного белого меньшинства, представляющего цивилизацию более высокого уровня по сравнению с черными народами. А почему это меньшинство образовалось именно там - на это есть целый комплекс причин.

чем больше воруют чиновники - тем хуже живут негры в конкретной стране.

Северная Африка - средиземное море, близость к Европе, добыча полезных ископаемых ( углеводороды) , теплый климат... .
Все это способствует более менее развитой экономике.
Тропическая Африка. - никакими из этих условий не обладает, только лишь немногочисленными полезными ископаемыми (алмазы, драг металлы) , которые добываются зарубежными компаниями и не способствуют развитию государства еще климат очень влажный, многочисленные болезни, многочисленные национальности, приводящие к войне - все приводит к огромной отсталости.
ЮАР - бывшая колония США, в которую прибыл значительный капитал, очень хорошее ЭГП на стыке морских транспортных путей, опять же полезные ископаемые - в результате это единственная экономически развитая страна в Африке.