История «Вазы» началась 16 января 1625 года, когда король Швеции Густав II Адольф подписал с голландским кораблестроителем Хенриком Хюбертссоном контракт на постройку нового боевого корабля для шведского флота. По замыслу короля, новый корабль должен был стать флагманом Шведского королевского флота, самым крупным и самым тяжеловооружённым кораблём из всех, имевшихся в распоряжении стран, располагавших выходом к Балтике. В том же году для постройки корабля было срублено около 40 акров дубового леса, то есть более тысячи деревьев.
Непосредственно работы по постройке корабля начались весной 1626 года под руководством Хюбертссона на верфи военного флота Блазиенхольмен близ Стокгольма. При этом деятельное участие в постройке «Вазы» принимал сам король. В частности, он лично утверждал размеры и состав вооружения будущего флагмана своего флота. На постройке было занято более 400 человек. Тогда же для «Вазы» начали отливать бронзовые пушки.
Уже при постройке «Вазе» было присвоено звание «королевского корабля» , что подчёркивало его особый статус. Корпус корабля богато украшался позолоченными и раскрашенными резными скульптурами. К созданию «Вазы» были привлечены лучшие работники — плотники, пильщики, кузнецы, столяры, маляры… Новый корабль вызывал восхищение и гордость у жителей Стокгольма. С не меньшим интересом следили за строительством и представители враждующих со Швецией держав. В частности, письмо датского советника в Стокгольме Эрика Краббе содержит полную и детальную информацию о вооружении «Вазы» .
В 1627 году судостроитель Хенрик Хюбертссон умер. Его преемником в работе над «Вазой» стал судостроитель верфи Блазиенхольмен Хайн Якобссон. Осенью того же года корабль был спущен на воду.
К началу 1628 года «Ваза» был в целом готов. 16 января, ровно через три года после заключения контракта на постройку, король Густав II Адольф посетил верфь Блазиенхольмен, осмотрел корабль и остался им доволен. К лету 1628 года «Ваза» был отбуксирован к королевскому дворцу и пришвартован там.
После постановки парусов «Ваза» отсалютовал собравшимся бортовым залпом и отправился в своё первое плавание. Когда корабль вышел на открытое пространство бухты, сильный порыв ветра наполнил паруса, и «Ваза» начал крениться на подветренную сторону, но затем выровнялся и прошёл ещё примерно 1300 метров, дойдя до острова Бекхольмен у входа в гавань Стокгольма. Там, в ста метрах от острова, новый порыв ветра снова накренил корабль, на этот раз значительно сильнее. Вода хлынула через открытые пушечные порты, корабль лёг на борт и начал тонуть с поднятыми парусами и развевающимися флагами.
На место катастрофы быстро прибыла помощь — матросы других кораблей на парусных и гребных лодках — однако к их прибытию корабль успел почти полностью уйти под воду. Спасателям оставалось лишь подобрать уцелевших в крушении и доставить на Бекхольмен и в порт Стокгольма, что и было сделано. Хотя катастрофа произошла недалеко от берега, вместе с «Вазой» погибло около 50 человек — почти половина из находившихся на борту людей.
Корабль был поднят на поверхность 24 апреля 1961 года, а 16 августа 1990 года вокруг него на острове Юргорден был открыт музей, который сейчас является одним из самых посещаемых стокгольмских музеев. Здание музея, построенного специально под экспозицию корабля, позволяет осмотреть «Вазу» со всех сторон на различных уровнях высоты. В музее «Вазы» есть кинозал, где демонстрируется фильм об истории корабля, проводятся экскурсии с гидом. К 2007 году в музее побывало более 25 млн посетителей.