Какая крепость пробыла у захватчиков 99 лет

Насчёт 99 лет не знаю, а вот крепость Орешек 90 лет (с 1612 по 1702) принадлежала шведам.

Крепость была построена в 1323 году на Ореховом острове в истоке реки Невы. На берегу Невы напротив острова был основан город Орехов. Тогда город и крепость принадлежали Новгороду. В 1338-1349 крепость была в первый раз захвачена шведами, но потом отбита. С 1468 года крепость и город были в составе Московского великого княжества (с 1547 – Русского царства) . В 1582 шведы осадили крепость, но не смогли её взять, что послужило главной причиной прекращения Ливонской войны и заключения мира.

В 1611 году, во время смуты в России, шведы осадили крепость и взяли её весной следующего года, когда из 1300 защитников крепости в живых осталось меньше сотни. Шведы назвали крепость Нётебург – Ореховый город. Осенью 1702 года, в ходе Северной войны, русские войска осадили и захватили крепость, которую переирменовали в Шлиссельбург (по-немецки – Ключ-город) . В честь возвращения крепости и города была отлита памятная медаль «Был у неприятеля 90 лет» .

После основания Петербурга и постройки крепости в Кронштадте Шлиссельбургская крепость потеряла своё оборонительное значение и использовалась как тюрьма, в которой содержались политические узники – Мария (сестра Петра I и мать Петра III), Евдокия Лопухина (1-ая жена Петра I), свергнутый царь Иван VI и другие. Здесь же был казнён Александр Ульянов (брат Ленина) за участие в покушении на Александра III.