Сколько уровней у московского метро? Где - то мы глубоко спускаемся по землю, а где - то наоборот.

Уровней действительно много, столица - она и под землёй столица.
Это лучше бы спросить у спецслужб, на худой конец, у диггеров.
Они знают истинное положение с разветвлённостью метрополитена.
Но вот очевидный вывод вы можете сделать и сами.
Выйдите на смотровую площадку на Воробъёвых горах и посмотрите на рельеф города.
Сколько видит глаз холмы, холмы.. . а тоннели метро прокладывают по-возможности прямо, так дешевле и удобнее. Вот и получается - где холм, станция глубоко, где впадина, там почти на поверхности. А где и просто по поверхности. Просто и понятно.

ПРОСТО-ВЫСОЧАЙШИЙ УРОВЕНЬ!
Самое красивое Метро в МИРЕ!

Глубина прокладки зависит от многих причин:
Стоимости: самый дешевый на малой глубине, прорывают траншею открытым способом, обустраивают в ней тоннель, маленькие эскалаторы, станции легко совмещаются с подземными переходами. Но в городе это огромные его куски на время строительства превращаются в такое неудобье для жизни. Нашли компромисс станции делают с рытьем котлованов а тоннели роют закрытым способом.
Грунты - в Питере глубина метро большая - там город на болоте - плывуны. Добираются до плотных грунтов. Очень дорого. Для экономии станции имеют нередко всего один выход. А еще там пытались делать с малыми станционными тоннелями - это те которые баз платформ, а с дверями из среднего зала. Из за высокой стоимости в Питере метро здорово не хватает.
Рельеф - горы проходят на большой глубине (например Арсенальная в Киеве) , что бы метро не имело больших подъемов и спусков. Есть и участки на эстакадах и мостах. А вот метро просто на поверхности немного - город режется на части.