Почему район Лефортово вошел в состав Юго-Восточного административного округа, а не в состав Восточного?

Естественной границей ЮВАО и ВАО служит Казанское направление Московской железной дороги.
Если присмотреться к карте, то Юго-Восточный округ расположен аккурат левее и ниже железной дороги, тянущейся на юго-восток, а Восточный - правее и выше. Эта граница продолжается вдоль всего пассажирского направления внутри Москвы и выходит за МКАД, не доходя лишь до платформы Ухтомская.
Недалеко от района Лефортово есть два железнодорожных пути. Межокружной границей служит тот, на котором расположены пассажирские платформы - Сортировочная и Новая.

Естественные границы часто служат границами между целыми Московскими округами. С одной стороны они являются транспортными магистралями, как железные дороги, с другой - препятствуют движению остального транспорта, перекрывая связи между районами Москвы.
Поэтому очень удобно проводить границу между округами по таким линиям.

Примеров таких естественных границ много. Так, границей между САО и СВАО является Савёловское направление железной дороги. Территории, расположенные к западу от железнодорожных путей относятся к Северному округу, а к востоку - к Северо-Восточному. Эти территории находятся в сильной транспортной изоляции друг от друга, и потому их удобно отнести к разным округам. По этой причине район Северный, образованный вокруг посёлка Северный к северу от МКАД относится к СВАО.

По карте районов и округов Москвы видно, что район Лефортово расположен западнее Московско-Казанской железной дороги, с той её стороны, что и остальные территории Юго-Восточного округа. Именно поэтому от относится к ЮВАО, а не к ВАО.

Он к центральному тянет.