Можно ли восстановить файлы после переустановки системы?

Тебе уже ответили.
А чтобы больше ничего не терять, пользуйся этим:

1) Установи Windows и произведи все нужные тебе настройки.
2) Установи нужные тебе программы и также настрой их.
3) Установи Acronis True Image Home 2009 и сделай им образ диска С.
4) Запиши его на диск или оставь на компьютере.
Всё!!! Теперь ты сможешь установить Windows со всеми его настройками и настройками других программ, всего за 7 минут.

Acronis True Image Home 2009 позволяет проводить резервное копирование и восстановление данных на жестом диске, включая операционную систему, прикладные программы и все пользовательские документы: изображения, видео, сообщения электронной почты и т. д. Эффективность программы Acronis True Image Home 2009 подтверждена многими престижными наградами, что неудивительно – продукт не только защищает ваши файлы, но и позволяет восстановить их после вирусных атак, аппаратных и других сбоев буквально одним щелчком мыши. Создайте полную копию жесткого диска за несколько минут или сохраните только критически важные данные и восстановите их еще быстрее. Также в Acronis True Image Home 2009 12.0.9633 RUS есть утилита для форматирования и разделения дисков.

Ссылка на Acronis True Image Home 2009 12.0.9633 RUS и Руководство к нему.
http://yabadaba.ru/files/41551
А там жми на: "Получить ссылку для скачивания! "

Можно
http://www.google.com.ua/search?q=R-Studio+Portable

вообще файлы при переустановке системы не исчезают, что именно пропало?

C помощью File Recovery

да можно, но успех не гарантирован. undelete или другой аналог.

С помощью программы Runtime GetDataBack.for FAT NTFS 3.66 я восстановил полностью отфарматированный hdd