Ubuntu. Запуск программ в свернутом состоянии

Не нашли в гугле потому, что это никому не нужно :)
скрипты и демоны запускаются так, что вы их не видите, если им не задано gtk обличие :)) тем программам которым положено запускаться в свернутом виде, например, duluge (торрент-клиент) , skype, виндовый Агент под вайном и т. д. , те так и запускаются. В некоторых прогах в самих настройках есть функция "запускать в свернутым", её и используйте, например, в Скайпе есть такое. С остальными подразумевается, что если вы уж запускаете это приложение (пусть даже поставив его в "запускаемые приложения"), то значит сейчас собираетесь с ним работать, а значит нет никакого смысла сворачивать его в "трей".

Devilspie поможет отцу русской демократии. К нему и гуёк есть небольшой, называется Gdevilspie. Хотя там гуй нафиг не нужен.
Самое простое применение описано здесь: http://fucknhack.blogspot.com/2008/10/devilspie.html
Но настроек и возможностей гораздо больше. Запуск приложений в свёрнутом виде — одна из возможностей программы.

Нее, девилспай - это менеджер запуска, его настраивать надо...
Можно проще:
nohup /usr/bin/doublecmd > /dev/null & sleep 3 && wmctrl -r Double -b add,hidden
Запустить Double Commander, найдет все окна со словами Double в заголовке, и свернет через 3 секунды.
Nohup нужен для detatch-a (чтобы если запускаете из консоли, то после её закрытия все запущенные ею приложения закрываются, а с nohup продолжат работать).
wmctrl - управляет окнами. Может свернуть все окна, установить заголовок, геометрию окна, и т. п. Очень полезная мелкая утилитка. Вот ещё примеры использования:
http://www.opennet.ru/tips/info/1769.shtml