почему при синхронизации itunes начинает удалять проги и игры в iphone ???че за бред вообще..

если игры и программы левые, то они будут удаляться. Приложения скаченные в App Store будут синхронизироваться нормально. Ошибка может быть еще в том, что если ты один раз просинхронизуешь iPhone, а потом удалишь какую-нибудь программу, стоящую на iPhone в iTunes, при повторной синхронизации, он сделает запрос на удаление программы

У меня айфон официальный и могу рассказать только про него - как ведут себя jb айфоны при синхронизации не скажу.
Я в настройках айтюнс сразу отключила синх с почтой и пр, а в остальных - сделала выборочную
"Покупать" в апстори можно двумя способами - через айтюнс или сразу напрямую с телефона через Аппстори (кнопка)
Чтобы не было таких недразумений как Вы описали - можно проги и игры скачивать в айтюнс и потом синхронизировать - в такой ситуации уж точно ничего не исчезнет.
Но в принципе и обратная связь - т. е с телефона в айтюнс работает.
Не далее как сегодня на своем компе обновляли айфон брата - у него мало программ.
Айтюнс открылась под моим логином и предложила перенести на айфон брата все проги которые стоят у меня (бесплатные)
Я вышла из своего аккуанта и зашла под братовым - все нормально обновилось, при этом даже прошивку 4.2 она повторно не скачивала, а воспользовалась той которая была уже скачена.
Повторюсь, я описала работу офиц не вскрытого айфона и программ которые устанавливались из Аппстори.