Флэшка заразилась вирусом, который превратил все папки в ярлыки, а затем антивирус и вовсе их удалил.

Скрытые папки и файлы откройте.
Забыли указать какой у вас windows.
Если windows 7, то сделать это можно так:
Компьютер / Упорядочить / Параметры папок и поиска / Вид / Показать скрытые файлы, папки и диски
А так же снимаем галочку с "Скрывать защищенные системные файлы".
Применяем все это дело.... закрываем окна.
Заходим на флешку.. . Видим полупрозрачные папки.
Из них данные переносим в другие, можно с дублирующими названиями.

попробуйте так 1. Запустить проводник, включить показ скрытых и системных файлов: "Сервис" - "Свойства папки" - снять галку "Скрывать защищенные системные файлы" и отметить "Показывать скрытые файлы и папки".

2. Просмотреть корневые каталоги всех разделов на жестких дисках и всех имеющихся съемных дисков (, а также папку Windows\System32 и удалить там все файлы с именем autorun и любым расширением. Важно: открывать указанные места исключительно щелчком в левой части окна проводника, в дереве каталогов, а не двойным по иконке диска, ибо в последнем случае, открывая зараженный диск, опять заражаете комп.

3. Запустить редактор реестра (Пуск - Выполнить - regedit.exe) и сделать две вещи:

а) Раскрыть ключ
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows NT/Current Version/Winlogon
и проверить значение параметра Userinit. В нем должно быть C:\WINDOWS\system32\userinit.exe, и ничего более.
(Если система у вас установлена в другой раздел или папку, вместо C:\WINDOWS будет путь вашей системной папки) .

б) Удалить целиком ключ
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/Current Version/Explorer/MountPoints2.

Последний пункт повторить для всех пользователей системы, затем перезагрузиться. потом, если не сможете воспользоваться советом SeRG скачайте отсюда -скопируйте на флешку и оттуда запустите http*://voffa*.ru/viral/borba-s-virusom-na-fleshkax-vmesto-papok-yarlyki.*html убери звездочки. Удачи.

ярлыки вместо файлов на флешке

Сохраните текст ниже в файле 1.bat на Ваш флеш!! ! накопитель в корень диска
attrib -S -H /D /S
и запустите его.

чтоб вирус неплодился

Попробуйте поставить действительно хороший, зарекомендовавший себя, антивирус, а старый удалить.
Какой, на сегодняшний день, лучше всего поставить, можете тут посмотреть:
comp-edit.ru/best-antivirus/