Какие из перечисленных файлов и папок можно спокойно удалить с жесткого диска?

Откуда взялся autoexec? Там скорее всего сидит вирус. eula удалить можно, всё равно это никто не читает. Altergeo desktop, DesktopMania надо убирать через "программы и компоненты". ntuser.dat трогать вообще нельзя, в AppData надо смотреть, что лишнее, а что нужно.
Если есть храбрость, экстремальный способ похудания: берём FAR, там есть возможность сортировать файлы по времени последнего обращения. Сортируем, потом удаляем всё, чем не пользовались больше месяца.

ну Altergeo можете смело удалить а вот AppData точно не трогайте (и вообще эта папка должна была быть скрытой...)

воспользуйтесь другими программами для очистки. а так не понятно что остатки от программ а что действующие.

Не корректно поставлен вопрос.
Да, вы перечислили папки и файлы, но вы не указали, где они находятся (проще говоря - путь) .
Из-за этого посоветовать удалить то или иное - нельзя, иначе взвалите всю вину неработоспособности Windows на "советчика".

Будите слушать таких, как вон снизу (Илья Кияшко) - система сломается.

DesktopMania - это обои (украшательство) , Altergeo - более "понтовый" аналог карт Яндекса и т. п. - безболезненно удаляются. С остальным - золотое правило: "не уверен - не удаляй". Лучше удалить неиспользуемые программы ("установка и удаление программ") и просмотренные "одноразвовые" фильмы-клипы-книжки, ненужные фото.

Да всё кроме десктоп xD всё с палубы. ну а если по честному то всё кроме детскоп и аппдата.... в апп дата удалять тока Temp