Попал вирус на съемный жесткий диск

Что сведения говорят? Если место на диске всё ещё как бы занято, то вирус их просто пометил скрытыми и/или системными. Включить всё в проводнике и сменить атрибуты. Тотал коммандер тоже может помочь.
Ну а если вместе с файлами освободилось и место на жестком - брать в руки уже программы восстановления удаленных файлов и уповать на компьютерного бога.

Возможно они стали скрытые или вирус их сделал системными файлами. Нужно попробовать открыть Пуск -Панель управления -Параметры папок - Вид-уберите галочку с "Скрывать защищённые системные файлы" и поставить галочку на "Показывать скрытые файлы и папки" -Применить -Ок. А после этого просканировать не антивирусом, а каким нибудь хорошим антивирусным сканером (они, как правило, не конфликтуют с антивирусами и предназначены для "лечения" уже заражённого компьютера)

Скачай 7 zip, зайди через zip-проводник в свой внешний ЖД, там твои файлы должны быть. Перекатай их на другой любой ЖД и форматни внешний ЖД.
Не советую убивать вирус, иначе все файлы могут пропасть. Сначала сохрани, потом форматируй, тем самым убьешь "вирус".

если внешний то лечить этой утилитой - USB Disk Security

Каспер отстой, попробуй Аваст хватит и бесплатной версии.

Так почисти его. http://free.drweb.ru/cureit

а еще лучше нортон и настрой его так чтобы еще эффективнее находил вирусы хороший антивирусник у самого на компе стоит

Схема чистки компьютера или ноутбука от вирусов, от рекламы в браузерах
remcomhelp.ru/category/kak-udalit-virusy