Пишу историю, где главный герой занимается программированием. Нужно уточнить пару моментов.)

1. Можно, если он размещал сайт на своем оборудовании, что делается... почти никогда. Обычно сайт размещается на арендуемом оборудовании - сервере (хостинг).
2. Может, если имеет полный доступ к "сайту" (т. е. просто набору файлов из которого он состоит).
3. "Сайт" - это просто программа, набор файлов. Уничтожить файлы можно удалив их с накопителя, на котором они хранятся или уничтожив сам накопитель (жесткий диск, например).
4. Доступ к сайту может быть закрыт в любой стране, независимо от того, где он находится. Обойти это ограничение можно при помощи прокси - популярная уже много лет тема для обхода блокировок. Что-бы сайт не был удален с хостинга, да - он должен быть размещен на хостинге такой страны, где не будет нарушать закон.
5. Сайт который взламывает... ну звучит дико. Взлом в принципе практически невозможен, тем-более в "автоматическом" режиме. Пароли и данные шифруются так, что расшифровать их... понадобится практически бесконечность (хотя квантовые компьютеры грозятся щелкать такие задачи как орешки). А программа которая сама ищет дыры в безопасности сайта, автоматически их находит, применяет... ну это из разряда "совсем фантастика", нужен буквально искусственный интеллект вроде человеческого. Тем-более что соц. сети (и другие сайты) имеют штат сотрудников (программистов), которые следят за безопасностью и когда находится "дыра" в безопасности - её "латают".

"1) можно ли уничтожить сайт, разбив оборудование гг?" если у него не личный сервер то нет сайт не исчезнет если поломать клиентское устройство. Зато умея доступ к железу сайт можно удалить с домена
"2) Если герой создаёт сайт не в одиночку, может ли его напарник/команда сайт продать без гг?" передать домен другому хозяину можно и без согласия формального владельца. Опять же если это не приватный сервер иначе придется его изъять у хозяина физически
"4) Чтобы такой сайт не закрыло правительство, этот сайт нужно создавать «типо» на территории другого гос-ва?" конечно там где сервер домена (или личный сервер) там и сайт располагается его можно выбить из поисковой выборки заблокировать на строоне провайдера но сам сайт уцелеет
"5) Какие ещё ньюансы надо учесть? (Именно явные)" ну главное дело в том что взлом несмотря на красивые фильмы про хацкеров не требует грвфического интерфейса и уж тем более для этого не нужен сайт. Фишинговые сайты которые воруют пароли это не прямой взлом. Так что зачем в истории вообще сайт не очень понятно.
"3) В случае, если сайт продан, как можно уничтожить этот сайт?" сайт всего лишь веб страница он жив пока его содержит хозяин домена и цел сервер.

так пиши о том что знаешь

Во первых вы должны понимать что сайт это всего лишь набор страниц и скриптов. Которые помещаются на удаленный сервер. То есть выгружается на хостинг. Хостинг это физический сервер. Если кроме хозяина у кого то еще есть досутп к серверу и есть все пароли. То в принципе могут и присвоить его себе. Так же есть облачные технологии благодаря которым сайт нельзя удалить. Но при желании ваш провайдер может закрыть к нему доступ.