Одна из наиболее вероятных версий ответа,
полагаю, состоит в обычной инерции мышления
человеческой вообще, и человеческой тех времен в частности,
вкупе с естественным слабым развитием логического
мышления и с поверхностным знанием первоисточника.
Примерно то же можно сказать и о картине Леонардо да Винчи
"Тайная вечеря", где все персонажи сидят за столом,
в то время как во времена Иисуса столов еще не придумали,
и там, согласно тому же первоисточнику, все возлежали,
и возможно даже - по кругу.. .
Возвращаясь к пупкам - возможно, имело место и автоматическое перенесение
этого элемента человеческого тела при наличии натурщиков,
но ведь многие художники пишут такие вещи и без натурщиков.. .
Да не сочтут сие за кощунство, но вспомнился очень старый анекдот.
Одному кинорежиссеру понадобилась женщина на роль Евы,
но чтоб была она без пупка, в смысле чтобы пупок был такой,
чтобы его легко можно было бы закамуфлировать.
Но вот пришла к нему на пробы женщина в самом деле без пупка.
Режиссер удивился и спросил её:
- А вы кто, кем работаете?
- Я профессиональная проститутка.
- А почему у вас нет пупка?
- Стёрся...