Одна из наиболее вероятных версий ответа, 
полагаю, состоит в обычной инерции мышления 
человеческой вообще, и человеческой тех времен в частности, 
вкупе с естественным слабым развитием логического 
мышления и с поверхностным знанием первоисточника. 
Примерно то же можно сказать и о картине Леонардо да Винчи 
"Тайная вечеря", где все персонажи сидят за столом, 
в то время как во времена Иисуса столов еще не придумали, 
и там, согласно тому же первоисточнику, все возлежали, 
и возможно даже - по кругу.. . 
 
 
Возвращаясь к пупкам - возможно, имело место и автоматическое перенесение 
этого элемента человеческого тела при наличии натурщиков, 
но ведь многие художники пишут такие вещи и без натурщиков.. . 
Да не сочтут сие за кощунство, но вспомнился очень старый анекдот. 
Одному кинорежиссеру понадобилась женщина на роль Евы, 
но чтоб была она без пупка, в смысле чтобы пупок был такой, 
чтобы его легко можно было бы закамуфлировать. 
Но вот пришла к нему на пробы женщина в самом деле без пупка. 
Режиссер удивился и спросил её: 
- А вы кто, кем работаете? 
- Я профессиональная проститутка. 
- А почему у вас нет пупка? 
- Стёрся...