Должен ли магазин торгующий рыболовным товаром платить налог за воздействие на окружающую среду?

Вообще то да, только это не налог, а плата за загрязнение окружающей среды, не надо путать. Все это регламентируется Постановлением Правительства РФ от 14.06.2001 N 463,
с изм, внесенными решением Верховного Суда РФ от 12.02.2003 N ГКПИ 03-49)
ПОРЯДОК ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПЛАТЫ И ЕЕ ПРЕДЕЛЬНЫХ РАЗМЕРОВ ЗА ЗАГРЯЗНЕНИЕ ОКРУЖАЮЩЕЙ ПРИРОДНОЙ СРЕДЫ, РАЗМЕЩЕНИЕ ОТХОДОВ, ДРУГИЕ ВИДЫ ВРЕДНОГО ВОЗДЕЙСТВИЯ
Размер платы расчитывается по составленным проектам образования отходов и лимитами на их размещения. п. 4 постановления "Плата за загрязнение окружающей природной среды в пределах установленных лимитов определяется путем умножения соответствующих ставок платы на разницу между лимитными и предельно допустимыми выбросами, сбросами загрязняющих веществ, объемами размещения отходов, уровнями вредного воздействия и суммирования полученных произведений по видам загрязнения".
но с 1.07.2009 г. разработка лимитов не является обязательной, значит платежи расчитываются как сверхлимитные (п. 6 этого же постановления) в случае невнесения или несвоевременного внесения экологи могут наложить штраф по ст. 8.41 КоАП.
Это распространяется на всех предпринимателей, независимо от вида деятельности, любая торговля не исключение. Доказать что не загрязняете очень трудно, любая бумажка или упаквака может рассматриваться как вредное воздействие на окружающую среду.

Это региональный, что ли? На общих основаниях.

В таком случае изобретатель автомата Калашников должен проходить соучастником по всем престплениям которые совершены при помощи изобретенного им автомата.

Разве курильщики платят налог? Вы товар не производите и не используете.

Воздействием с помощью запаха что ли ?