Как поменять фамилию, если есть только временная регистрация по месту жит-ва,а ЗАГСы по проживанию и рождению отказывают

Поменять фамилию могут и по месту временной регистрации, просто заморачиваться не хотят. В ФЗ "Об актах гражданского состояния" ничего не говорится об ограничениях для тех у кого временная регистрация по месту пребывания, зато говориться следующее:
Статья 11. Отказ в государственной регистрации акта гражданского состояния
1. Отказ в государственной регистрации акта гражданского состояния допускается в случаях, если:
государственная регистрация противоречит настоящему Федеральному закону;
документы, которые представлены в соответствии с настоящим Федеральным законом, не соответствуют требованиям, предъявляемым к ним настоящим Федеральным законом и иными нормативными правовыми актами.
2. По требованию лица (его представителя) , которому отказано в государственной регистрации акта гражданского состояния, руководитель органа записи актов гражданского состояния обязан сообщить данному лицу (его представителю) причины отказа в письменной форме.
3. Отказ в государственной регистрации акта гражданского состояния может быть обжалован заинтересованным лицом в орган исполнительной власти субъекта Российской Федерации, в компетенцию которого входит организация деятельности по государственной регистрации актов гражданского состояния, в территориальный орган уполномоченного федерального органа исполнительной власти, осуществляющего функции по контролю и надзору в сфере государственной регистрации актов гражданского состояния или в суд.
Получите официальный письменный отказ и с ним в Управление ЗАГСов по Москве, обжаловать (но, думаю, уже на стадии запроса о письменном ответе все положительно разрешиться) .