Есть ли особенности налогообложения в РФ предприятий с иностранным капиталом?

Разницы нет, кто учредитель. А есть предприятие зарегистрированное в установленном законом порядке как РОССИЙСКОЕ предприятие.

Филиалы (постоянные представительства) иностранных организаций, а также юридические лица с иностранным капиталом, созданные по российскому законодательству, уплачивают налоги и сборы в соответствии с Налоговым кодексом России и международными соглашениями Российской Федерации. Порядок их налогообложения определен одними нормативными актами, в отношении ряда налогов он идентичен:
налога на добавленную стоимость;
налога на доходы физических лиц (в данном случае имеется в виду выполнение обязанностей налогового агента) ;
единого социального налога;
земельного налога;
транспортного налога;
налога на имущество;
единого налога на вмененный доход, а также ресурсных налогов и государственной пошлины.

Из единой системы налогообложения есть одно исключение. Не облагается НДС ввоз на таможенную территорию РФ технологического оборудования, комплектующих и запасных частей к нему в качестве вклада в уставный капитал предприятий с иностранными инвестициями (п. 7 ст. 150 НК РФ) . Перечень оборудования, приведен в Приложении 1 к инструкции «О порядке применения таможенными органами Российской Федерации налога на добавленную стоимость в отношении товаров, ввозимых на территорию Российской Федерации» , утвержденной приказом ГТК России от 7 февраля 2001 г. № 131.

В отношении товаров, ввозимых в качестве вклада в уставный капитал предприятий с иностранными инвестициями, ввозную таможенную пошлину не взимают (абзац 5 ст. 37 Закона РФ от 21 мая 1993 г. № 5003-1 «О таможенном тарифе» и п. 1 постановления Правительства РФ от 23 июля 1996 г. № 883 «О льготах по уплате ввозной таможенной пошлины и налога на добавленную стоимость в отношении товаров ввозимых иностранными инвесторами в качестве вклада в уставный (складочный) капитал предприятий с иностранными инвестициями») . Главное, чтобы одновременно выполнялись следующие условия:
товары не являются подакцизными;
относятся к основным производственным фондам;
ввозятся в сроки, установленные учредительными документами для формирования уставного (складочного) капитала.