Если сумма произведенных расходов превышает сумму полученный доходов работая по упрощенной системе налогооблажения

Да, надо, если у вас налоговая база УСНО - доходы, уменьшенные на сумму расходов.
Как рассчитать минимальный налог? Порядок таков: сумму всех доходов, учитываемых в налоговой базе по единому налогу при УСН (отраженных в итоговой строке графы 4 раздела I Книги учета доходов и расходов за истекший год) , умножают на 1%. Результат и есть минимальный налог.

С Вашей суммой налога 4390 рублей, надо полагать, общая сумма дохода составила 43 900 рублей (а сумма расходов больше) ?
Ну вот ее и надо заплатить с КБК минимального налога.

Налоговый кодекс РФ
Статья 346.18. Налоговая база
...
6. Налогоплательщик, который применяет в качестве объекта налогообложения доходы, уменьшенные на величину расходов, уплачивает минимальный налог в порядке, предусмотренном настоящим пунктом.

Сумма минимального налога исчисляется за налоговый период в размере 1 процента налоговой базы, которой являются доходы, определяемые в соответствии со статьей 346.15 настоящего Кодекса.

Минимальный налог уплачивается в случае, если за налоговый период сумма исчисленного в общем порядке налога меньше суммы исчисленного минимального налога.

Налогоплательщик имеет право в следующие налоговые периоды включить сумму разницы между суммой уплаченного минимального налога и суммой налога, исчисленной в общем порядке, в расходы при исчислении налоговой базы, в том числе увеличить сумму убытков, которые могут быть перенесены на будущее в соответствии с положениями пункта 7 настоящей статьи.

http://www.26-2.ru/article/document122862.phtml

Вот это самый большой минус УСНО "доходы - расходы": налог приходится платить, даже если по итогам года остаешься в убытке (и налог еще больше увеличивает убыток) .
Впрочем, в следующие периоды можно зачесть этот убыток для уменьшения налогооблагаемой базы: см. пункт 7 статьи 346.18. НК РФ

насколько я понимаю, при упрощенном налогообложении расходы не учитываются. и платить придется указанный минимум.