Не пойму: как работает система? Пишешь жалобу в ген.прокуратуру с указанием: копия в прокуратуру Москвы, а ген. прокурат

А на самом деле все просто.
Вы пишите жалобу в вышестоящую инстанцию о том, что ваши права нарушены.
Существует такое понятие как подведомственность. То есть орган полномочен решать
вопросы. А так как вы пишите жалобу, к примеру, на действия милиции в прокуратуру и в
генеральную прокуратуру, то из прокуратуры жалоба поступит в ту же милицию в связи с тем,
что решение данного вопроса подведомственно именно органу на который вы жалуетесь, и
Генеральная прокуратура тут же спустит вашу жалобу в прокуратуру, которая повторит манипуляцию )
У нас коррумпирована не только система, но и законодательство. Подобную вещь допускает
Федеральный закон "О порядке рассмотрения обращений граждан Российской Федерации".
Так что действия органов Прокуратуры вполне "законны". Хотя каждому понятно, что абсурд
допускать "спуск" жалобы тому органу, действия которого обжалуются.

нормально поступили

Все зависти от того, чем заканчивается письмо, направленное в вышестоящюю инстанцию. К примеру : жалоба (заявление) для рассмотрения (проверки) направляется в прокуратуру ЗАО г. Москвы. Но, что бы дело не "пустили на самотек",пишите в Генпрокуратуру. На том листе, где указываете в какие адреса вами направляются заявления, указываете : "Второму адресату для сведения и осуществления контроля за ходом проверки. "Таким образом, заявление в прокуратуру ЗАО г. Москвы заява направляется для проверки, а в Генеральную - для контроля и они его уже никуда не отшлют. Если нет оговорок, то каждый получивший считает, что получено для проверки и, ествественно, все заявления спустят к месту их проверки.

В том числе и в этом импотенция нашей генпрокуратуры. А по сути - оба ваших обращения объединят в одно и в окончательном ответе вам должны указать об этом, т. е. что обе жалобы объединены в одну, это согласно требований закона "Об обращениях" (полное название не помню)

А Вы жалобы в Генпрокуратуру пишите?
Кто же Вас так достал?)))))))

Смысла нет писать сразу в Ген. прокуратуру. Начните с малого звена, затем выше и выше. А когда уже будете писать в Ген. прокуратуру (в последнюю очередь) , укажите, что обращались ранее в нижестоящие прокуратуры и приложите копии тех жалоб и ответы на них