Правомерен ли данный отказ в регистрации договоров, и, если правомерен, то на каком основании?

В соответствии с ч. 1 ст. 6 ФЗ «О крестьянском (фермерском) хозяйстве» земельный участок входит в состав имущества хозяйства, а по общему правилу ст. 257 ГК РФ, имущество крестьянского хозяйства принадлежит его членам на праве общей собственности, если соглашением, которое заключалось между членами крестьянского хозяйства по правилам ст. 4 ФЗ «О крестьянском (фермерском) хозяйстве» не устанавливался иной режим имущества хозяйства.
Таким образом, если соглашением не устанавливался иной режим, по умолчанию к отношениям по распоряжению земельным участком применяются правила об общей собственности (глава 16 ГК РФ) .
Так как купля-продажа и передача в пользование участка являются частным случаем распоряжения им, то к этим отношениям применяются правило ч. 2 ст. 253 ГК РФ, согласно которому распоряжение имуществом, находящимся в совместной собственности, осуществляется по согласию всех участников, которое предполагается независимо от того, кем из участников совершается сделка по распоряжению имуществом.
Следовательно, для продажи части участка необходимо получить письменное согласие всех участников крестьянского хозяйства на распоряжение участком.
Таким образом, поскольку в соответствии с ч. 2 ст. 8 ФЗ «О крестьянском (фермерском) хозяйстве» , распоряжение имуществом хозяйства осуществляется его главой, для продажи части участка главе необходимо заключить договор купли-продажи, к которому приложить письменное согласие всех членов на распоряжение участком.
Возможны варианты – продаваться будет часть участка (доля в праве на участок) или самостоятельный участок. В случае продажи части участка достаточно заключения договора купли-продажи, в результате чего участок крестьянского хозяйства приобретает режим долевой собственности, одной долей будут совместно владеть члены одного крестьянского хозяйства, а второй долей – члены другого хозяйства. Обращаю внимание, что закон (абз. 2 ч. 1 ст. 12 ФЗ «Об обороте земель сельскохозяйственного назначения» ) не допускает сдачи части участка в аренду, однако имеется возможность передать эту часть в доверительное управление.
Часть участка, переданная в собственность по договору, может быть впоследствии выделена в натуре.
Если есть намерение распорядиться самостоятельным участком, то прежде всего по согласию всех членов КФХ необходимо провести его межевание и поставить на кадастровый учет. В результате из одного участка образовывается два самостоятельных участка, распоряжение которыми происходит в том же порядке, который был указан выше. Однако, земельный участок, прошедший межевание и поставленный на кадастровый учет, может быть предметом договора аренды.
Для регистрации права собственности новых владельцев последним следует предоставить в Росрегистрацию договор купли-продажи (части участка или участка, в случае, если проводилось межевание) , кадастровый паспорт участка, согласие всех членов КФХ о распоряжении участков.
На регистрацию аренды предоставляется кадастровый паспорт и сам договор с приложением – согласием членов.
Для регистрации доверительного управления достаточно предоставления договора и согласия членов.

глава крестьянского хозяйства имеет право распоряжение лично ему принадлежащим имуществом, а не крестьянского хозяйства.. .
видимо земля зарегистрирована не на крестьянском хозяйстве, а на членах крестьянского хозяйства, поэтому глава крестьянского хозяйства без соответствующих документов не имеет права распоряжаться землей по передаче её в аренду, или, продавать.. .
всего вернее речь идет о паях /долях/ земель сельскохозяйственного назнаения ранее принадлежащих колхозам и совхозам.. .
опишите подробнее...

А кто собственик земли? Если государство то вполне. Пусть заключит договор о совместной дятельности.

регистрационная палата регистрирует права и переход прав, а не проверяет законность сделки. Если получили отказ в регистрации - соответственно формы ваших договоров их не устроили, а не сделка. Плюс к этому (ОН) должен быть собственником земли чтоб заключать такие сделки.