Запуск ассемблерных программ на "чистом" компьютере.

Вот как раз статейка: http://www.xakep.ru/post/28794/ и №2: http://www.xakep.ru/post/28863/default.asp

Можно.
Например, ОС Колибри на FASM создана.

Можно. .
Ашот несет ахинею.

Нельзя. Ассемблер делает прогу либо в формате com/exe (нужна DOS), либо elf, bin и еще хз какие (нужна Linux, OS/2, XZ OS)
Только машинный код.
Как бы для спарвки:
Расширение файла .COM (англ. command) использовалось в некоторых компьютерных системах в различных целях.
В системах DOS и в 8-битной CP/M, файл COM — простой тип исполняемого файла, размер которого не может превышать 64 Кбайт-256 байт (65280 = 216 − 28 байт) . COM-файлы для DOS можно выполнять также на эмуляторах, например в среде Windows.
COM и EXE отпадают сразу, ибо сказал что нет ОС.
Также найдите мне ассемблер, дающий сразу же машинный код, без заголовков MZ и COMовских, инициализацию которых проводит DOS! Только машинный код, из obj или bin файлов, с умением работать в HEX и оху@@ым знанием распределения памяти (ибо ОС нет и нужно все делать ручками) , стека, архитектуры процессора и подпрограмм работы с диском низкого уровня. Как бы INT-программное прерывание DOS!!!
Чтобы написать: нужно быть гуру в работе с памятью и стеком.

Запрос для яндекса: Написание загрузочного сектора. На хакере была статья об этом.
Во что компилировать - в ком, чтобы на сегменты не резал, бут сектор грузится в 0x7c00h.

можно!