нужна несложная программа, которая удаляет пустые папки, ненужные файлы, и т. д. СCleaner пустые папки не удаляет.

Сделай сам... такой батник удалит все пустые папки с диска D
for /d %%i in ("D:\*") do rd /q "%%i" 2>nul

попробуй что нить другое
EasyCleaner — небольшая программа для поиска и удаления ненужных записей в реестре Windows.
CCleaner — бесплатная программа для оптимизации системы, инструмент обеспечения приватности.
Glary Utilities — бесплатный пакет инструментов и утилит для чистки, настройки и оптимизации ОС компьютера.
Wise Registry Cleaner Free — бесплатная утилита для очистки системного реестра от ненужной информации.
Eraser — программа для безвозвратного удаления данных с возможностью работы по расписанию.
Unlocker — утилита для удаления файлов и папок, что невозможно удалить обычными средствами.
File Shredder — утилита для безвозвратного удаления файлов с жесткого диска и других носителей информации.
http://biblprog.org.ua/ru/

Your Uninstaller! - незаменимый помощник по деинсталляции приложений, установленных на вашем компьютере. Он служит заменой стандартному диалогу Добавить/Удалить программу Windows. При этом работает приблизительно в 5-10 раз быстрее. Может показывать соответствующие значки приложений. Имеется функция поиска приложения по ключевому слову. Your Uninstaller! автоматически обнаруживает неисправные ключи реестра и полностью удаляет их по вашему разрешению. Возможно ручное удаление записей об установленных программах из системного реестра. Программа имеет хорошо продуманный и организованный мультиязычный интерфейс. Есть полезная функция для пользователей, столкнувшимися с проблемой HotBar. Иногда, даже если приложение было деинсталлировано, панель инструментов остается в Вашем Internet Explorer, Your Uninstaller! может избавиться от любой части HotBar. Программа так же удаляет из реестра шпионов, известных как Ad-ware, экспортирует на печать список установленных программ и многое другое.. .
Ключевые возможности программы:
» Полное удаление установленных приложений
» Глубокое сканирование реестра и жестких дисков на неправильные записи и ненужные файлы
» Удаление программ, которые не могут быть удалены через стандартное удаление программ
» Удаление скринсейверов (в ПРО-версии)
» Удаление следов интернет-активности
» Создание резервной копии системного реестра и его восстановление
» Управление регистрационными ключами
» Встроенный чистильщик жестких дисков, позволяющий найти и удалить ненужные файлы на ваших жестких дисках (в ПРО-версии)
» Встроенный чистильщик контекстного меню Internet Explorer (в ПРО-версии)
» Встроенный менеджер автозапуска программ (в ПРО-версии)
» Исправление или удаление некорректных ярлыков на рабочем столе и в меню "Пуск"
» Получение детальной информации об установленных приложениях
» Создание резервной копии и восстановление информации об установленных приложениях
» Удаление с помощью простого перетаскиваний иконки приложения в окно программы
» Список установленных приложений с оригинальными иконками программ
» Мощная функция поиска программ для их последующего удаления
» Автоматическое обнаружение неправильно установленных программ и их удаление за один клик мышью
» Быстрая скорость запуска данной программы - в 5-10 раз быстрее стандартного менеджера по удалению программ ОС Windows XP
» Экспорт списка программ в файл или на печать
» И многие другие возможности...

SBMAV Disk Cleaner - простая, но в то же время намного мощнее СCleaner, удаляе пусты папки.

Кажется обсуждалось тут, используй - виндовсфикс. ру

Гугли - WindowsFix.

Советовали тут уже недавно: