Как присваивать номер версии для программы?

Вопрос видимо про стандарты нумерации версий программного обеспечения.
Если так, то их много. Один из наиболее распространенных - A.B.C.D, где A - главный номер версии, B - вспомогательный номер версии, C - номер сборки, D - номер ревизии.

Первые две цифры по сути ключевые и дают пользователю информацию об изменении функционала программы, причем A меняется при очень серьезном изменении программы. Кроме того, в случае с платной программой, пользователь, купивший ее как правило получает бесплатно все обновления с изменениями B, но если выходит следующая версия (меняется A), то ее пользователь бесплатно не получит.

C и D - конечных пользователей как правило не касаются, обычно это внутренняя информация.

C (номер сборки) изменяется каждый раз при передаче программы на тестирование

D - номер ревизии, обычно присваивается автоматически системой контроля версий, используемой в компании-разработчике.

Кроме того, в конце могут еще присутствовать буквы, их варианты:

a - альфа, для тестирования внутри компании-разработчика

b - бета, для публичного тестирования

rc - release candidate, все что надо написано и оттестировано, меняться может только конфигурация или документация

rtm - release to marketing, продукт готов к распространению

eol - end of life, последняя версия, продукт больше поддерживаться и развиваться не будет.
Что касается самих цифр, то тут стандарта почти нет. Нумерация может идти как с 0, так и с 1, за исключением самой первой цифры - 0 в ней как правило означает бета-версию, и распространяется она обычно бесплатно

В своей? В свойствах проекта.

Патч новый ставишь-версия меняется...