На участке гг. Иркутск - Ангарск отмечается загрязненность прибрежных вод хозбытовыми отходами, повышенная мутность, наличие нефтяной пленки в створах, получающих загрязнение со сточными водами гг. Ангарска и Иркутска.
Интенсивная промышленная деятельность на Ангаре уже привела к тому, что донные отложения на некоторых участках реки настолько загрязнены, что даже дноуглубительные работы там запрещено производить, потому что это может привести к мощному подъему со дна различных загрязняющих веществ.
В регионе низка доля оборотного и повторного водоснабжения; во многих городах очистные сооружения перегружены, работают неэффективно, строительство новых почти прекратилось, хотя нехватка их в ряде населённых пунктов, весьма ощутима.
В результате загрязнение реки и водохранилищ по многим химическим и бактериологическим ингредиентам (нефтепродукты, фенолы, органические вещества, тяжёлые металлы, асфальтены и др.) очень велико; концентрации загрязнений в воде, донных отложениях, рыбе часто превышают десятки, и даже сотни ПДК. Уже ниже Иркутска река и водохранилища на различных участках по качеству вод оцениваются от умеренно загрязнённых до очень грязных.
