я Индивидуальный предприниматель, что может мне грозить

ну если признаешься штраф. если не признаешься не чего. будут спрашивать почему не чего не платил скажешь что он ип. услуги оказывал.. и до тебя не докопаться. . пока не найдут свидетелей..

подделка документов-мошенничество.
вы отчислений никаких не делали и не оформляли-значит-мошенник.

Эта "справочка" тянет на статью Уголовного кодекса.. .
В лучшем случае, если дойдёт до Налоговой, то придётся заплатить социальный налог за этого МЧ - 30 % от фонда ЗП

Ежели спросят - говори, что справок не давал.

Да-с, мошенничество. А если военком захочет проверить сведения и сделает запрос в налоговую? Налоговая обнаружит, что вы не подали сведения о работниках, т. е. уклоняетесь от налогообложения :)
Или молодой человек с вашим письмом может обратиться в гострудинспекцию или прокуратуру с жалобой, что вы нарушаете ТК и не оформляете трудовой договор, не платите зарплату и пр. :) Замучаетесь платить потом штрафы и компенсации.
Это всё теоретически, конечно, но зачем вам вообще какой-то геморрой с парнем, если вы даже не знаете, зачем военкомату справка? По большому счету, военкомату все равно, работает ли призывник или балду гоняет. Ваш адрес нужен для того, чтобы искать призывников, уклоняющихся от призыва. Готовы объясняться?

В военкомат вам давать такую справку нельзя. Потому, что с ними,
вы обязаны плотно контактировать, по вопросам воинского учёта.
Как я понимаю, таких контактов не имеете, вы же не работодатель.