объясните, плиз, как расчитать прибыль, для того чтобы заплатить налог по УСН 6 %. Для магазина.

Платите 6% со всего дохода (усно 6% так и называется -доходы) на основании записей в книге учета доходов и расходов
А вот уменьшить налог сможете:

если нет наемных работников, то на всю сумму уплаченных взносов в ПФР и ффомс -в 2013г -это 35665р, в 2012г -17208р
если есть наемные работники, то Единый налог 6% от дохода можно уменьшить на 50% от суммы всех уплаченных взносов в фонды, а именно:
Сумма страховых взносов на обязательное пенсионное страхование, обязательное социальное страхование на случай временной нетрудоспособности и в связи с материнством, обязательное медицинское страхование, обязательное социальное страхование от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний, уплаченных (в пределах исчисленных сумм) за налоговый период в соответствии с законодательством Российской Федерации при выплате налогоплательщиками вознаграждений работникам, занятым в тех сферах деятельности налогоплательщика, по которым уплачивается единый налог, а также сумма страховых взносов в виде фиксированных платежей, уплаченных индивидуальными предпринимателями за свое страхование

НАлог платится от всего Дохода, а не от прибыли.

А какие тут проблемы? Берете цифру официально проданного и умножаете на 6%, полученная сумма и будет налогом к уплате.

6% по УСН платится не с прибыли, а с выручки. Посчитайте выручку по банку и кассе, суммируйте и умножайте на 6%. Это будет сумма вашего налога, но её можно уменьшить на платежи в ПФР и больничные, но не более чем на 50%.