Наиболее широко представлена в музее испанская живопись. Можно увидеть развитие испанской живописи, начиная с XII века. Представлены средневековые фрески, готика, искусство Ренессанса и реалистические картины XIX века. Среди представленных авторов — Веласкес, Эль Греко, Мурильо, Сурбаран, Гойя…
Произведения фламандских художников попали в музей, так как более полутора веков провинции современных Бельгии, Нидерландов и Люксембурга принадлежали испанской короне. По этой причине многие фламандские художники работали в Испании. Одним из главных шедевров фламандской школы в музее является картина Босха «Воз сена» .

Основные художники, представленные в коллекции: Рогир ван дер Вейден, Ганс Мемлинг, Иоахим Патинир, Иеронимус Босх, Питер Брейгель, Рубенс, Якоб Йорданс и Антон ван Дейк.
В истории Испании огромную роль сыграла Реконкиста — освободительная борьба против арабских завоевателей, продолжавшаяся несколько столетий.
Испанская монархия, едва успев освободиться от арабов, начала осуществлять различные завоевательные планы. Испанцы первыми обосновались в Новом Свете (экспедицию Христофора Колумба финансировали Фердинанд и Изабелла) , подчинили себе Нидерланды, твердой ногой стали в Неаполе.
Первым монархом, решившим сохранить свою художественную коллекцию для наследника, был испанский король Карлос I, он же император Священной Римской империи Карл V Габсбург (1500-1558).
Это был страстный коллекционер и собиратель, обладавший тонким художественным вкусом. Его любимым художником был Тициан. Его наследник Филипп II (1527-1598) продолжил начатое.
Идея преобразования королевской коллекции в публичный музей родилась в конце XVIII века,
Для первого публичного музея, посвященного естествознанию, в 1785 отвели место в большом парке Прадо (отсюда название будущего музея) . Строительство велось по проекту архитектора Хуана де Вильянуэва (1785–1808).
19 ноября 1819 состоялась открытие Музея науки и искусства, в коллекции которого насчитывалось 311 картин. Именно тогда музей получил свое окончательное название — Прадо, что подчеркивало его преемственность, его связь с первой картинной галереей в королевском загородном дворце.

