На основании предъявленных обвинений, в 1948 году Е. И. Ухналёв был осуждён на 25 лет по статье 58 Уголовного кодекса РСФСР и отбывал срок в тюрьмах и лагерях («Кресты», Воркутлаг), освобождён через 6 лет. С 1954 года, после возвращения в Ленинград, работал в проектных институтах — сначала чертёжником, затем архитектором. В 1959 году реабилитирован.
В 1967—1975 годах — главный архитектор Государственного Эрмитажа. С 1998 года — ведущий художник Государственного Эрмитажа.
В 1992—1998 годах — специалист-эксперт аппарата Государственной герольдии при Президенте Российской Федерации. 29 июня 1999 года был включен в состав Геральдического совета при Президенте Российской Федерации. 26 августа 2004 года вновь утверждён членом этого совета.
Соучредитель и действительный член основанной в 2006 году Гильдии геральдических художников (Россия).
В последние годы жизни художник сильно болел. 2 сентября 2015 года, на 84-м году жизни, Евгений Ухналёв скончался в Петербурге. Участник более 40 выставок в России и за рубежом, в том числе в Германии, США, Австрии, Финляндии и Швеции. Первая выставка состоялась в 1980 году.
Работы хранятся в Государственном Русском музее, музее Анны Ахматовой в Фонтанном доме, в музее современного искусства Эрарта и других частных собраниях России, Америки и Европы.
