В каком Граф Редакторе я могу рисовать большие пиксели на "не пиксельном холсте"?

Да, уж.. формулировка не очень. Пиксель - это по определению и есть одна точка на мониторе. Оно физически не может быть больше или меньше.

Любое отличие видимого размера от фактического - масштаб.
Такое можно провернуть даже в Paint. Просто рисовать по пиксельной сетке 1:1, а после того как закончите, увеличить масштаб картинки на 5 раз. Где был один пиксель - будет 5х5. Немного потеряет в точности цветов местами, но задача выполнена. Это работает в любом графическом редакторе.
В редактора посерьезнее, вроде PaintNET, Photoshop или Gimp, есть ещё специальный инструмент - пикселизация, которые любое изображение "упростит" по сетке любого нужного размера.

Реализация же рисования конкретно квадратами 5x5 (или другими) так же делается в любом графическом редакторе с поддержкой кистей квадратной формы. Этого только в самых примитивных нет. Любой из списка выше подходит. Строится сетка в настройках с нужным шагом, привязка по сетке и берется квадратная кисть, которой задаётся размер.

"Задача состоит в получении пикселей, состоящий более чем из одной точки измерения на мониторе" - функция "масштабирование" в любом приличном графическом редакторе. Устанавливайте масштаб изображения 500% и рисуйте свои пиксели.

Piskel - простая и очень удобная в работе программа для создания gif-анимации в стиле pixel art:
http://www.newart.ru/htm/myzavr/mz75.php
Легко создаются копии кадров, рисуются простые фигуры, настраивается просмотр результата. Есть типичные для графических редакторов инструменты, такие как, пипетка, осветлитель/затемнитель, зеркально отражение... РИСОВАТЬ МОЖНО КВАДРАТАМИ РАЗНОГО РАЗМЕРА. Есть слои. Можно создавать свою гифку с нуля или редактировать чужую.

О чём сия невнятная речь?