студент иностранец, поехал на родину на каникулы. там решил поменять старый паспорт на новый, (далее внутри)

Основными нормативными документами по этому вопросу являются Постановления Правительства России №№ 335 и 365, Закон о порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую федерацию, а также Закон о правовом положении иностранцев в Российской Федерации. Все эти документы имеются в открытом доступе в интернете. Действия руководства университета и ФМС полагаю совершенно правомерными, а уж если Вы въехали в Россию по туристической или деловой визе, радуйтесь, что Вас не оштрафовали, не депортировали и не закрыли Вам въезд в Россию.

Положение об установлении формы визы, порядка и условий ее оформления и выдачи, продления срока ее действия, восстановления ее в случае утраты, а также порядка аннулирования визы (утв. постановлением Правительства РФ от 9 июня 2003 г. № 335)

78. В случае механического повреждения визы иностранного гражданина, приведшего к невозможности ее дальнейшего использования, либо ее утраты виза должна быть восстановлена после проверки оснований и подтверждения факта ее выдачи.

79. Восстановление визы производится по письменному заявлению иностранного гражданина или по письменному ходатайству организации, либо гражданина Российской Федерации, либо постоянно проживающего в Российской Федерации иностранного гражданина, по приглашению которых иностранный гражданин пребывает на территории Российской Федерации.

80. В случае если иностранный гражданин, имеющий действительную визу, получил новый национальный паспорт, а прежний паспорт погашен, виза может быть восстановлена в новом паспорте по письменному заявлению этого иностранного гражданина.