я гражданин Азербайджана, у меня щас Самарская регистрация. Как можно сделать регистрацию(перерегистр.) в Башкортостане

Перерегистрироваться не получится. Надо выехать из страны, потом уже приехать в Башкирии зарегистрироваться. Кажестя з-дневный срок увеличили до 7 суток. Удачи тебе!

А что говорят в паспортном отделе этого города?..

Уведомление о Вашем прибытии в Самарскую область необходимо закрыть (на обороте указать дату убытия - сегодняшнее число и направить в УФМС заказным письмом) . Прибыть в Башкирию и в течение 3 - х суток с даты прибытия стать на миграционный учет в УФМС Башкирии. При этом срок пребывания у Вас будет не 3 месяца с даты прибытия в Башкирию, а 3 месяца с даты въезда в Россию.
Пример. В РФ Вы въехали 1 июля 2011 года, жили в Самаре до 30 августа 2011 года, а потом уехали в Уфу (Башкирия) . Прибыли в Уфу 1 сентября. До 3 сентября Вам необходимо стать в Уфе на миграционный учет (оформить уведомление о прибытии) , со сроком убытия - до 30 сентября 2011 года.
Если у Вас в Самаре оформлено разрешение на временное проживание на 3 года (штамп УФМС РФ в Вашем азербайджанском паспорте) , то убывая из Самары для дальнейшего проживания в Уфу, Вы обязаны явиться в УФМС Самары и уведомить о своем убытии, а прибыв в Уфу, оформить РВ5П уже в Башкирии.