Если россиянин приехал работать в Москву на срок более 90 дней, как оформить регистрацию?

Остановить на улице, конечно, могут - но, по моим впечатлениям, к чести московской полиции, делают это в последнее время крайне редко. Это Вам должно сильно не повезти. Или внешность должна быть очень незаурядная. Но даже если остановили. Чтобы оштрафовать за отсутствие реги, необходимо достоверно установить и доказать следующие факты: 1) гражданин вселился в КОНКРЕТНОЕ ЖИЛОЕ помещение 2) проживает в нем более 90 суток и не обратился за регистрацией.
Доказать все это на улице абсолютно нереально, если, конечно, Вы сами чистосердечно письменно не признаетесь, что мол живу без регистрации по такому-то КОНКРЕТНОМУ адресу (а не просто в Москве) полгода. И никто не вправе посреди улицы выписывать Вам за это штраф. Просто нужно дать понять, что Вы знаете законы и свои права.
Вообще, ИМХО, если регистрация не требуется на работе, то нафига она вообще нужна. Документы типа полиса ОМС легко оформляют и без регистрации, проверено. Вот если нужно будет ставить машину на учет или ребенка в садик / школу оформлять - другое дело.
Тем более, если гражданин живет в нежилом помещении, то оформлять регистрацию он НЕ ОБЯЗАН, как правильно написал Артемий, да и не сможет даже при больщом желании.

Раз вы проживаете по месту работы, то вы не обязаны регистрироваться, ибо нежилое помещение не явялется местом пребывания согласно определению Правил регистрации.

На улице остановить конечно можно, но это незаконно и бесмысленно - улица тоже не является жилым помещением, а значит местом пребывания.

А проживать гражданин где обирается? На улице?
Если в жилом помещении, напр. на основании Договора аренды, имеет право (и обязанность, если планирует жить более 90 суток) зарегистрироваться по месту пребывания, согласие собственника не ** беспокоит, если есть Договор.

Нужно согласие собственника жилого помещения на регистрацию временного пребывания. Ну или гостиница регистрирует.