Что означает такой комментарий, при получении загранпаспорта через госуслуги? В связи с отсу. Это отказ?

Это вам написали после приглашения для фото?

Отказ.
где то вы спалились....

Это значит, что ФМС нарушает процедуру выдачи загранпаспорта и надо привлекать виновных к ответственности по статье 5.63 КоАП.

20. Результатом предоставления государственной услуги является оформление (выдача) паспорта гражданина Российской Федерации, удостоверяющего личность гражданина Российской Федерации за пределами территории Российской Федерации или принятие решения об отказе в оформлении и (или) выдаче паспорта.

Т. е. решение все равно должно быть принято - либо выдать паспорт, либо отказ. Приостановка или что-то подобное не допускается.

Исчерпывающий перечень оснований для приостановления или отказа в предоставлении государственной услуги

36. Приостановление предоставления государственной услуги допускается только в случае подачи заявления в форме электронного документа с использованием Единого портала.

37. При подаче заявления в форме электронного документа с использованием Единого портала, после принятия решения об оформлении паспорта, если заявителем пропущен срок, установленный для представления документов, указанный в электронном сообщении (пункт 89.1 Административного регламента) , оформление паспорта приостанавливается до личного обращения заявителя в территориальный орган либо его подразделение для представления документов, предусмотренных пунктами 28.1.1 - 28.3.9 Административного регламента.

37.1. В случае неявки заявителя в территориальный орган либо его подразделение для представления необходимых документов в течение шести месяцев со дня подачи заявления в форме электронного документа с использованием Единого портала, оформление паспорта прекращается.

38. В оформлении и (или) выдаче паспорта отказывается:

в соответствии со статьей 15 Федерального закона - в случаях временного ограничения права гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации;

в соответствии с частью 11 статьи 10 Федерального закона - в случае несогласия законного представителя на выезд из Российской Федерации несовершеннолетнего гражданина Российской Федерации.

Так что если вам незакрыт выезд, то паспорт обязаны выдать. Если закрыт - выдать письменный отказ. Отписульки вот такие делать нельзя, это штраф 3-5 тысяч для отписульщика. Срочно жаловаться на горячую линию ФМС и в прокуратуру. Пусть штрафуют сволочей, ведь слоупочество ФСБ это проблема ФСБ, а не ваша.