подскажите, удобно ли будет ехать с собакой (таксой) на нижней боковой полке в плацкарте? или лучше на обычной нижней?

Насколько я знаю, с собакой в плацкартном вагоне ездить не разрешают. Только в купе, и то в случае, если вы выкупите его полностью. Или в нерабочем тамбуре последнего вагона. Из плацкарта вас высадят по первому же требованию пассажиров, а скорее всего вообще не пустят.

ПРАВИЛА ПЕРЕВОЗКИ СОБАК РЖД :
В поездах перевозка собак, в том числе служебных, производится в намордниках и с поводком:

в нерабочем тамбуре первого за локомотивом вагона (не более двух собак) , - под наблюдением их владельцев или сопровождающих;
в отдельном купе купейного вагона, кроме вагонов повышенной комфортности (не более двух собак) , - под наблюдением их владельцев или сопровождающих с оплатой полной стоимости всех мест в купе.
Плата за перевозку собак крупных пород взимается аналогично плате за перевозку мелких домашних животных, собак и птиц.

При перевозке таких собак в отдельном купе дополнительная оплата за их провоз не взимается (только при провозе собак во внутреннем сообщении (по России) , при провозе таких собак в страны СНГ взимается плата как за 20 кг багажа) .

Собак-проводников слепые пассажиры провозят с собой бесплатно в вагонах всех категорий.

Удобно, если ваши соседи и проводник не будут против такого соседства.
Не думаю, что вам было бы уютно спускаться с верхней полки ночью, зная, что на нижней сидит такса...

собаку всё таки лучше на пол пристроить, на боковой не получится все об неё запинаться будут-проход