Какие водоросли можно брать для аквариума из реки. Локация - река Енисей, верховья.

Кроме ярко выраженной сезонности, добавлю повышенную требовательность к солнечному свету с одной стороны и холодноводность -с другой. Резюме: овчинка выделки не стоит!

никакие .. в реке полно инфекций и бактерий, которые убьют гуппи

Водоросли в аквариум вообще не нужны!
В аквариуме используется только один вид водорослей - кладофора эагропила (сейчас вроде еще одну водоросль культивируют из Японии).
В аквариумах аквариумисты содержат ВОДНЫЕ РАСТЕНИЯ.
Что касается водных растений из естественных водоемов, можно использовать различные рдест, частухи, водокрас, кубышки, роголистник, элодею и много чего еще (роголистник и элодея точно в Енисее должны быть, я живу гораздо дальше на Восток, так что особо не знаю, что уж там у Вас растет).
Однако растения из наших отечественных водоемов обычно имеют сильно выраженную сезонность. Если проще сказать - к зиме они обычно все погибают (независимо от того, тепло ли в аквариуме).
Ну и всякой гадости на них обычно много, но с этим можно легко бороться, ну к примеру обработать марганцовкой и пр. химическими средствами.
Возникает только один вопрос, а на хрена? Обычно на местных форумах очень часто аквариумисты отдают излишки своих растений, я например регулярно из своего аквариума раздаю тот же роголистник, криптокарины всякие и пр. Ну жалко при прополке ведро того же роголистника просто спускать в унитаз...