Рыбка гуппи родила только двух мальков.

Вы присутствовали при рождении этих двух мальков? если да.. то, видимо генотип такой у гупешек --они очень разные могут быть.. Если всё произошло без вашего присутствия, то вы могли не увидеть - вполне возможно, мамашка сожрала остальных.. вот такие они заразы-эти мамашки -гуппешки.. я однажды наблюдала только -только что родившихся мальков - они такие слегка обалдевшие и ничего и никого не боятся, прошло совсем чуть времени и они стали просто прыскать в стороны от стаканчика - я вылавливала их стаканчиком для пересадки в др аквариум.. У этих двоих оставшихся мальков, видимо, пока мамашка жрала других, у этих мозги включилисьИ они стали уворачиваться от мамаши а потом вы их спасли)....
обычно мальков 7-8. Как они в пузике помещаются - ума не приложу.. вот сколько у меня эти гуппи есть -всё время этот вопрос остается)))))))))))

Либо ранняя беременность+первые роды, либо успела сожрать мальков.

Частично согласен с ответом выше. От себя добавлю: гуппи-первородки обычно рожают от 2 до 10 мальков, во второе и последующее метание могут принести до 100 мальков. Но тут всё зависит от вида рыбки и генетических особенностей.
Чтобы сохранить максимальное количество мальков, в нерестовик кладут мелколиственные живые растения, риччию - чтобы малькам было где спрятаться от самки. Да и самку нужно вовремя убрать, иногда не дожидаясь окончания метания мальков.

Уже многое сказали другие, чего я даже не знала, что первородки рожают до 10 мальков... у меня всегда нормальный приплод (от 20-30).
Я считаю, более реалистичные варианты в вашем случае, это либо самка съела мальков (родила и съела, родила и съела), либо генетическая особенность, либо болезнь. Скорее всего первый вариант, т. к остальные маловероятны.
Для отделения самки, я использую аквариум (10-15л). Туда кидаю укрытия и роголистник, свет выключаю, а потом отлавливаю самку и мальков по разным аквариумам.