Объясните? «С тех пор как Декарт резко противопоставил друг другу материю и дух как две различные субстанции,

Действительно, именно Декарт сформулировал, что Res Extensa (Вещь Протяжённая) и Res Cogitans (Вещь Мыслящая) – это реальности двух принципиально не сводимых друг к другу порядков.
Материальное мы можем локализовать и измерить как занимающее какое-то пространство и время, а мысль можно только мыслить – и невозможно указать, где она находится и какой размер имеет.
Однако очевидно (Декарту), что и материя, и мысль СУЩЕСТВУЮТ.
Cogito ergo sum – "мыслю значит есьмь" – принцип, обнаруживающий Я как реальность, невыводимую ни из какого опыта.
Читайте его "Размышления о первой философии" (Meditationes de prima philosophia), там описывается всеобщее сомнение: что если всё, что мы привыкли считать существующим, на самом деле только обман и матрица? Действительно стоит прочесть, оно небольшое, а слог очень выразителен. И приходит к выводу, что единственное, в чём он не может усомниться, – это само сомнение. Таким образом, он обнаруживает, что в своём материальном теле он может сомневаться, но в том факте, что его мышление действительно мыслит само себя и всё остальное, оно действительно существует и сомневается в чём-то – это факт, подтверждающий сам себя. Таким образом, "вещь мыслящая" существует даже более достоверно, чем "вещь протяжённая".
Ну и никаких переходов между ними он не видел (правда предположил, что они соприкасаются в эпифизе), а поскольку он был признанным классиком рационализма, подарившим людям научный метод как таковой, всех это очень впечатлило, и так и пошло-поехало: две "субстанции", иже не пересекаются, а идут "параллельно".

И особенно тогда это впечатлило физиологов (потому что Декарт сам анатомией увлекался) – соответственно появилась как таковая Психо-Физическая проблематика, т. е. вопрос о соотношении Души и Тела в научном дискурсе.

Потом Спиноза предположит, что "протяжённость" и "мышление" – два проявления единой Субстанции, а не две "параллельныя субстанции", что Субстанция (она же Бог, она же Природа) – по логике может быть только одна в принципе... но это уже другая история)