Есть два файла .txt нужно сопоставить данные и вытащить актуальные

Если сохранение порядка неважно, то так:

 with open("1.txt", "r") as f:

    s1 = set(s.rstrip() for s in f.readlines())

with open("2.txt", "r") as f:

    s2 = set(s.rstrip() for s in f.readlines())

print(s1, s2, s1 & s2, sep = '\n') 

Сложность O((n1 + n2) ∙ log(n1 + n2)), где n1 и n2 - кол-во строк в файлах.

А если важно, то тот файл, чей порядок сохраняем, читать в список, а не в множество. Или вообще обойтись итератором:

 with open("1.txt", "r") as f:

    s1 = set(s.rstrip() for s in f.readlines())

with open("2.txt", "r") as f:

    s2 = (s.rstrip() for s in f.readlines() if s.rstrip() in s1)

print(*s2, sep = '\n') 

Этот код сохраняет порядок строк по второму файлу и не зачитывает весь второй файл в память.

Если нужно записать в файл final.txt, то так:

 with open("1.txt", "r") as f:

    s1 = set(f.readlines())

with open("2.txt", "r") as f:

    s2 = (s for s in f.readlines() if s in s1)

with open("final.txt", "w") as f:

    f.writelines(s2) 

(тут мы не удаляем переводы строк, т.к. они нам нужны при выводе)

1-2 млн строк - это не так много, в памяти современного компа поместится с большим запасом. Без чтения в память пересечение двух неотсортированных файлов эффективно найти нереально.

А вот если задача стоит найти пересечение двух отсортированных файлов, то она решается за линейное время. Нужно читать оба файла параллельно. И в памяти их тогда хранить не придётся, можно сразу выводить в результирующий файл.