В чем разница между "фомой неверующим" и атеистом?

Атеист не верит в Бога. "Фома" верит в Бога, но не доверяет Ему.

так и ответ то вы сами дали- фома не верит а атеист знает.

Фома лишь усомнился в том, что Иисус воскрес... но в целом, в отличии от атеиста, в Бога верил.

Фома неверующий- это, всего лишь, еврейский сказочный персонаж, который не верил россказням Йешуа.
Атеист (без души) - это тот у кого украли душу и заменили ее талмудическими заповедями и наставлениями "пастырей" (пастухов) . Атеист -это раб любой идеологии, не имеющий права на самостоятельное мышление.
Христиане, иудеи и коммунисты много извратили смысловых нагрузок слов. Большинство людей, к категории "атеист", относят людей самодостаточных, видящих действительность без розовых идеологических очков. Это элементарная безграмотность.

Кто вам сказал что Фома неверующий? По моему это истинный пример для подражания для всякого разумного верующего. Сам Христос признал Фому верующим и не упрекнул Его, в неверии.
27 Потом говорит Фоме: подай перст твой сюда и посмотри руки Мои; подай руку твою и вложи в ребра Мои; и не будь неверующим, но верующим.
28 Фома сказал Ему в ответ: Господь мой и Бог мой!
29 Иисус говорит ему: ты поверил, потому что увидел Меня; блаженны невидевшие и уверовавшие.
(Иоан. 20:27-29)

в потенции

фома неверующий уверует чуду, а атеист бутт искать чуду научное оправдание. . а не найдя скажет что наука ещё не так развита чтоб объянить сей или иной феномен

Я думаю, что никакой. Время показывает, что нету ничего абсолютного и однозначного. И поэтому "фомы" до поры остаются атеистами.
То же самое касается и верующих.