Как Религия относится к гермофродитам? Задумалась сегодня...

наверное хорошо, если описало его в Бытие в первой главе
27 И сотворил Бог человека по образу Своему, по образу Божию сотворил его; мужчину и женщину сотворил их.
А во второй главе разделила его (Гермафродита) на мужа и жену.
1 И навел Господь Бог на человека крепкий сон; и, когда он уснул, взял одно из ребр его, и закрыл то место плотию.
22 И создал Господь Бог из ребра, взятого у человека, жену, и привел ее к человеку.
23 И сказал человек: вот, это кость от костей моих и плоть от плоти моей; она будет называться женою, ибо взята от мужа [своего].

ГермАфродит - сын богов - Гермеса и Афродиты.
Выходит так, что религия подарила миру гермафродитов :)

а существуют ли они на самом деле? я имею в виду две полноценно функционирующие системы в одном организме.

Когда гермафродитов будет достаточно для войны, то узнаем какая религия у них имеется и что они готовы за нее отдать...

Религия не может к кому-либо относится. Религия - это мировоззрение ставящее цель воссоединения (re-ligo - воссоединение) человека и Бога. Православная церковь в данном вопросе врядли имеет конкретное мнение, так вряд ли собирался такой собор на котором этот вопрос серьезно обсуждался. Скорее всего надо относится просто по-христиански, т. е. сочувствовать болезни человека.