В Иоанна 5:28, 29 говорится,что мертвые будут находиться в могилах и выйдут от туда не сразу,а когда начнется день суда.

Так и есть.

Интересно глянуть на утопленника или того, кого снаряд разорвал на клочки..

Это сообразно Откровению 7:9. и молитве Отче наш. Матфея 6:10.

Это о физическом воскресении.

интересно, как это произойдёт, когда новое захоронение появляется на месте старого через 13 лет, а кости от предыдущего покойника достают и сжигают вместе со всем мусором?!

Так и понимать. Человеки будут созданы, сотворены (называй как удобно) снова. Ты же не думаешь, что Бог создаст зомбей, которые вылезут из могил в лохмотьях из кожи. А как быть тогда с теми, от кого и костей не осталось. Поэтому люди будут созданы снова.

Словом «воскресение» переведено греческое слово ана́стасис, которое буквально означает «встать снова» . Греческое слово ана́стасис было переведено еврейским выражением техийа́т хаммети́м, означающим «возвращение мертвых к жизни» . Поэтому воскресение — это возвращение человека из безжизненного состояния, воссоздание личности со всеми ее особенностями. Поскольку Бог обладает безграничной мудростью и совершенной памятью, ему не трудно воскресить человека. Помнить все об умершем — его качества, прошлое и особенности его личности — не составляет для Бога большого труда (Иов 12:13; сравните Исаия 40:26). И как видно из случая с Лазарем, у Иисуса Христа есть как желание, так и способность воскрешать мертвых. (Сравните Луки 7:11—17; 8:40—56.) Иисус сказал: «Наступает время, в которое все, находящиеся в гробах [«памятных склепах» , НМ] , услышат глас Сына Божия; и изыдут» (Иоанна 5:28, 29). Да, Иисус Христос обещал, что все, о ком помнит Бог, будут воскрешены.