Чем секта отличается от религии?

Ничем. Религия и секта это одно и то же.

началом конца.

секта (сектор, секция) - это часть религии.

Ничем. Только количеством верующих. Например православное христианство - это та же секта, но много миллионная.
Секта -Се́кта (лат. secta — школа, учение, от лат. sequor — следую) — понятие (термин) , используемый для обозначения религиозной группы, отделившейся от основного религиозного направления или указывает на организованную традицию, имеющую своего основателя [1], как в буддизме.

В некоторых источниках понятие «секта» трактуется шире [2][3]. Так называется любая группа (религиозная или нерелигиозная, отделившаяся или новая) , имеющая своё учение и свою практику, отличные от господствующей церкви или идеологии (см. Определения) . Или как в буддизме и индуизме, слово «секта» употребляется достаточно часто, не имеет негативного оттенка и означает самостоятельные течения, то есть является аналогом слова «школа» .
http://ru.wikipedia.org/wiki/Секта

любую доминирующую религию не дающую права осознанного выбора, можно назвать - секта (н-р муслимы))).

Размером.

секта закрытое общество

Ничем, это одно и то же. Разница в количестве "средств" и овец.

Ещё одна. .
Се́кта (лат. secta — школа, учение, от лат. sequor — следую) — понятие (термин) , используемый для обозначения религиозной группы, отделившейся от основного религиозного направления или указывает на организованную традицию, имеющую своего основателя [1], как в буддизме.