Почему произнесённые раздельно буквы "А а" могут означать "нет"?

Созвучно с не-а.

В разных языках свое понятие и стилистика речи. Многое зависит от многого, очень много особенностей самого языка.

Например можно сказать "Да нет" и это будет означать именно "нет", но иностранцу не понять, как это так складывается, что можно сказать "Yes no"?
Или как обьяснить, почему в русском языке, туман-стоит, а дождь-идет? У большинства европейских языков, дождь "просто есть или нет". Или точнее даже "дождит", если дословно переводить.

Тоже самое, когда мы режем мясо, то мы режем. Если крошим-то крошим. Но в англоязычной сфере, нет понятия крошить. Крошить-глагол, которые обозначает, что кто-то кого-то крошит. То есть "нечто, которое делает действия, подпадающие под крошение". У них популярнее слово "измельчать". Но в русском языке слово "измельчать", стилистически не используется к еде. Сказать то можно, но будет звучать нелогично. Измельчать можно только несьедобные предметы.

Тоже самое и с приставками: вот наприме слово ехать. На разных языках, все звучит одинаково, но если например сказать "понаехать", "сьехать", "обьехать", "наехать", то в большинстве языков, такого понятия нет. С другой стороны, русскому не присуще например говоря только одни согласные любого слова, уже иметь ввиду что-то конкретное....или устоявшимися выражениями обьяснять какое-то действие, предполагать или изменять смысл слова, написав его два раза.

главное, интонация

Ы ы

Такова особенность русского языка. Это можно даже отнести к так называемому "сленгу". Такое использование букв "А а" в значении "нет" скорее связано с самим контекстом и интонацией, поскольку сами по себе эти буквы не несут такого значения.

Ритмом повторяет отрицательный поворот головой

так принято и все