Оценки в аттестат после 11 класса

Результаты ЕГЭ на школьный аттестат не влияют, это во-первых. Они выставляются в специальный сертификат, на который и смотрят при поступлении в ВУЗ.
В сам же аттестат идут оценки за все предметы, пройденные в школе. Даже если это музыка, которая закончилась ещё в начальной школе. Если изучение предмета заканчивается в 10 классе, то оценка за 10 класс и пойдёт в аттестат. Если изучение продолжается на протяжении 10-11 классов (биология, например, алгебра и т. д) , в аттестат идёт одна общая оценка, которая выставляется в пользу ученика. Если у тебя в 10 была, допустим, 4 по истории, а в 11 стала 5, поставят 5, так же, если 10 была 5, а стала 4, то тоже поставят 5. Если разница больше, чем в один балл (5 в 10 классе, 3 в 11), ставят среднюю (в данном случае 4)

Идут годовые оценки за 11 класс. По тем предметам, где Вы сдали ЕГЭ, оценка не ставится выше экзаменационной

Kesha верно ответил. Вот цитата из норматива "Порядок выдачи документов государственного образца об основном общем и среднем (полном) общем образовании.... "
пункт 24: В приложении выставляются итоговые отметки по каждому учебному предмету обязательной части базисного учебного плана и части учебного плана образовательного учреждения, формируемой участниками образовательного процесса, изучавшемуся выпускником (в случае, если на его изучение отводилось по учебному плану образовательного учреждения не менее 64 часов за ДВА учебных года.
Аттестат за 9-й класс вам просто отдается на руки, вы же с ним пришли в 10-й, это на память))))